731部队到来以后，从已死者身上提取的样本中，发现了不明的活液体病毒，他们本身无法判断、解释这种病毒，所以只好通知营地指挥官，将死者一律挖深坑后进行火化，再掩埋。
然后，对整个营地周围三公里以内进行生物系列消毒灭菌，还通知上级派兵接管该营地，将该营地现有一切人员实行就地封闭看管起来，以防止这种不明病毒的发生和传染、扩散。
最后，他们将现有已发作的全部疯病人员五花大绑，封住嘴巴，由十几辆军车外加装甲掩护，立即送到哈尔滨总部实验室进行研究。
其实，日军于1933年就在哈尔滨设置了细菌战秘密研究所……后来的关东军防疫给水部总部（通称为石井部队），开始设置在哈尔滨市东南方的拉宾线上的小站背阴河，为了保密，又称作“加茂部队”，后来，为掩人耳目又改称“东乡部队”，到1938年初已变成一支大规模的秘密部队。
1938年6月13日，日军将距哈尔滨市中心区往南约20公里地区，当时称作滨江省平房镇，划定为关东军的军事特区，在平房附近有三屯、四屯和五屯三个村落，军事特区大致设在这三个村落的中心位置，成为满洲731部队所在地。
在约6平方公里、禁止入内的宽阔军事特区内，日军花费了一年多的时间，建设大规模军事设施，设施包括宿舍群、发电站、铁路支线、训练设施、平时可关押8000-50000人的监狱、大大小小的许多研究室、训练用的马场、大礼堂、运动场和神社，军事特区周围是架设着高压电线的土墙和壕沟。
1938年７月９日，苏联十几名士兵在张鼓峰山顶西侧（即伪“满洲国”一侧）构筑阵地工事，到７月11日人数增加到40多名。７月15日，３名日军在防川两名向导带领下，带照相机、望远镜，潜入张鼓峰附近苏联控制的一侧，绘制和拍摄苏军军事设施时被苏军发现，一名日军被苏军击毙，其余人慌忙逃跑，此事端立刻成了双方冲突事件的导火索。
张鼓峰位于吉林省珲春市敬信镇防川村北1.5公里的中俄国界线上，海拔155.1米，按照清代和民国初年中国方面的地图，以及沙皇时代的俄国地图，张鼓峰为中国珲春辖境。
７月29日上午，日军又发现约有10名苏军在张鼓峰以北两公里的沙草峰构筑阵地工事，日方认为这属无理挑衅，于是，便集结在图们江对岸朝鲜庆兴、阿吾地的日军第十九师团，于７月30日晚间渡过中朝界河图们江，以两个大队的兵力，在炮火的掩护下，向张鼓峰和沙草峰的苏军发起进攻，并于７月31日凌晨，日军占领了张鼓峰和沙草峰。
苏军岂能善罢甘休，为夺回阵地，动用了飞机、坦克和大炮，对张鼓峰进行猛烈的攻击。与此同时，还不断出动飞机轰炸朝鲜庆兴、高邑等地的日军增援部队，苏军封锁了圈河中朝大桥，苏联海军又封锁了图们江口。
日军后方被苏军封锁后损失惨重，无力继续作战，于8月10日，日苏在莫斯科缔结张鼓峰停战协定。至此，历时13天的张鼓峰战役宣告结束。
张鼓峰事件后，日伪当局强令防川、沙草峰、阳关坪、会忠源等地的140多户农民全部迁出，将这一带划为禁区，同时又在防川附近的图们江上立桩堵江，封锁了图们江航道，从此，中国利用图们江航道的出海的正当活动被迫完全中断。
苏方占据了张鼓峰和沙草峰后，在阳关坪一带，将其控制地区推进到图们江边，仅留一条通往防川的小通道，张鼓峰之役的失利和随后的诺门罕战役的惨败，给了当时日本军方信心极大的打击，以致于取消了原打算进攻苏联的西进计划，转而把战略重点放在中国内陆沿海和中原地区，以及太平洋战场。
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